醫院設有徐匯院區、浦東院區兩個院區，并與上海市質子重離子醫院（復旦大學附屬腫瘤醫院質子重離子中心）高度融合、共同發展。截至2020年底，醫院實際開放床位2105張，設有頭頸外科、乳腺外科、胸外科、胃外科、大腸外科、泌尿外科、胰腺外科、肝臟外科、神經外科、骨軟組織外科、腫瘤婦科、腫瘤內科、放射治療中心、中西醫結合科、綜合治療科、麻醉科、介入治療科、病理科、藥劑科、檢驗科、內鏡科、超聲診斷科、放射診斷科、核醫學科、心肺功能科、營養科26個臨床醫技科室。醫院有教職員工2，761人，其中醫師719人，護理人員1，242人，醫技人員501人；正副專家373人；博士生導師78人，碩士生導師96人。